國史館數位典藏資料庫查詢系統是整合本館數位典藏計畫5個全宗檔案之目錄資料庫及影像圖檔資料庫，此5 個全宗檔案為：「國民政府檔案」、「蔣中正總統文物」、「資源委員會檔案」、「臺灣省政府地政處檔案」、「蔣經國總統文物」等。茲分別簡述如下：


一、國民政府檔案內容涵蓋國民政府時期所經歷的內憂外患及其推行重大建設的珍貴史料，共計16,942卷，分為21大類，期間自民國14年7月至38年6月，包括有關國家重大決策之制定與各項指令之頒布，皆有詳實紀錄，屬決策型的檔案，極具學術研究參考價值。

現藏之「國民政府檔案」係總統府於民國50年8月至85年12月，前後分5批次移轉來館。本館將國民政府檔案內容依「國家檔案分類表」重新整理、分類、立案、併件、編目，共計分為總類、主計、人事、行政、內政、外交、國防、財政、教育、司法、經濟、交通、衛生、新聞、其他共15大類，編成7,086卷，建置7,086筆目錄資料及掃描1,134,746頁影像圖檔。目前查詢系統已可檢索所有目錄資料，且先開放2,467筆目錄資料之對應圖檔（約35萬頁）提供大眾閱覽、查詢。


二、蔣中正總統文物係蔣中正先生主政中樞、奔走國事所留下的函稿、電文、日記、信件、書籍、輿圖、影像資料及文物等，由蔣總統之機要人員歷年蒐錄整理形成。

民國38年，國民政府戡亂失利，蔣總統下野，隨即指示將該批檔案隨中央銀行黃金同艦運臺，原暫存高雄，後移轉至大溪頭寮賓館、陽明山陽明書屋，至84年2月由國史館接管該批檔案。

蔣中正總統文物分為：籌筆、革命文獻、蔣氏宗譜、家書、照片、文物圖書、特交文卷、特交檔案與特交文電及其他等10個副全宗。將分別簡介如下：

（一）籌筆是蔣中正總統親書之函稿、電稿或諭令、書信之手稿，內容多為蔣總統對於重要政治、軍事案件之籌劃，檔案時間起於民國12年8月，止於61年6月，其下分為北伐時期、統一時期、抗戰時期、戡亂時期與其他等5個系列。

（二）革命文獻係將北伐至戡亂期間的史實，以事件為主題，將相關函電、手令等加以編纂而成的文獻彙編，時間起自民國12年6月，止於41年4月，分成北伐時期、統一時期、抗戰時期、戡亂時期等4個系列。

（三）分別為《民國七年重修本》、《民國三十六年重修本》、《回圖蔣氏宗譜》、《宜興大成蔣氏宗譜》、《梅檀蔣氏世譜》、《硤石蔣氏支譜》、《武嶺蔣氏先序考》等共7套48冊。

（四）為蔣氏致家人、親友書信之錄底，分為致宋美齡、致蔣經國、致蔣緯國、致親友、致蔣孝武、致蔣孝勇及蔣經國家書等7個系列。

（五）蔣中正總統照片共有50,798張，涵蓋時間自民前3年至民國65年8月，包括蔣總統一生的重要經歷，提供其完整的個人照片影像紀錄。依內容性質分為：總類、典禮集會、巡訪慰問、演習校閱、接待國內賓客、接待外賓、接待僑胞、友人僚屬、生活留影、蔣夫人宋美齡輯集、逝世與紀念活動、其他等12個主題。

（六）目前「蔣中正總統文物—檔案數位典藏系統」的目錄資料係以稿本為主。事略稿本係蔣中正總統的秘書參閱相關函電令告及節抄蔣氏日記，以仿《春秋》以事繫日，以日繫月，以月繫年編撰而成。其編纂先由專人蒐集整理及撰擬初稿送交總編纂核改，再以楷書繕正送呈蔣總統核閱。檔案時間自民國16年至38年，內容係蔣總統於每日所處置的重要政、軍務事，包括重要行程與來去函電內容等。

（七）特交文卷包括親批文件和交擬稿件兩系列，時間起自民國16年1月，止於54年1月。親批文件為蔣中正總統機要人員摘錄各方致蔣氏函電後呈閱，而蔣總統在摘文箋上多有閱覽後所作的批示；交擬稿件為蔣中正總統機要人員先草擬致各方電文文稿再由蔣氏修改後決定發送。

（八）特交檔案收錄之文件無特定主題，文件型式也不一致，內容包括簽呈、函札、電報、會議紀錄、各式報告、名冊、信件、書籍、手稿錄底、手令登錄等。特交檔案分成分類資料、一般資料兩系列，分類資料項下又細分為政治、軍事、中日戰爭、政治防共、軍事剿匪、外交、國際、經濟、財政、內政、教育、交通、社會、特件和其他等15個副系列。一般資料不依內容分類，僅依照時間順序編輯而成，內容相當繁雜，其後附有專件、手稿錄底、呈表彙輯、手令登錄、工作報告和書翰等資料彙編。

（九）特交文電是以事件為主題，精選蔣中正總統與各方往返之重要電報彙編而成的檔案。民國62年，總統府機要室著手整理，先擬定39個案卷，按時間排序，分別歸納各案相關的資料。每案之前由整編人員撰寫紀要一則，記述事件因果始末。39個案卷區分為領袖事功、日寇侵略、共匪禍國及俄帝陰謀等4個系列。其中領袖事功下又區分為北伐統一、國家建設、革命外交、復行視事、對日抗戰及領袖指示等副系列。

目前查詢系統已開放蔣中正總統文物—檔案計12,437筆目錄資料，及720筆照片之目錄資料和對應圖檔，提供大眾檢索與閱覽。


三、資源委員會檔案期間自民國28年至41年，共27,979卷，其中中文檔案20,068卷、外文檔案7,911卷。所謂「中文檔案」，即資源委員會與國內各附屬機構往來之文件，共分總務、工務、業務、會計財務、運輸、材料、綜合等7大門。「外文檔案」係指資源委員會駐美單位與國內本會及附屬事業機構，或國外機構來往之信函、電報、各種資料等，中、英、日文皆有，其中以英文案卷數量最多，共分為總務、業務、會計財務、技術、器材、訓練、貿易等7大門。

資源委員會檔案已編目建檔完竣，俟審查竣事目錄資料及對應圖檔將陸續開放檢索、提供閱覽。


四、臺灣省政府地政處檔案時間自民國33年起至81年止，共2,095卷。檔案內容大致可分為：法規類、地政報告、會議記錄、人事組織、日產的接收與處理、土地改革資料、農地重劃、國有林的解除與利用、非都市土地使用編定、地籍整理、農地廢耕復耕等類，為研究臺灣土地改革極為重要之史料。

本全宗檔案於95年始執行實體數位化及後設資料之建置。


五、本館典藏之「蔣經國總統文物」共2,314卷，包括：忠勤檔案、黨政軍文卷、接見外賓談話紀錄、言行剪輯與大事紀、專著手札與講詞、照片文物、視聽史料等。文物部分包括經國先生的遺物、證狀、勳獎章、相冊、繪畫、書法、褒狀、圖表、立軸、橫披等。

本全宗檔案於95年始執行實體數位化及後設資料之建置。目前在本館網站中設有「蔣經國總統文物選粹」供讀者瀏覽。